怎么下载TCGA中指定Primary Site的样本数据

怎么下载TCGA中指定Primary Site的样本数据

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代码：

#筛选primary_site对应的癌症样本library(GenomicDataCommons)resp=cases()%>%filter(~project.project_id=='TCGA-HNSC'&primary_site=='Larynx')%>%GenomicDataCommons::select(c(default_fields(cases()),'samples.sample_type'))%>%response_all()resp%>%count()case_name<-resp$results$submitter_id#之后对下载的samplesDown进行过滤,获得需要下载的sample_downloaddownload_name=substr(samplesDown,1,12)sample_download<-samplesDown[download_name%in%case_name]

有了sample_download ，就可以采用TCGAbiolinks进行下载了。

把要下载的数据筛选出来之后重新得到query，添加barcode选项指定下载想要的数据：

query<-GDCquery(project=project,data.category=data_category,data.type=data_type,workflow.type=workflow_type,barcode=sample_download,#sample.type=sample_type,legacy=legacy)

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