怎么从TCGA数据库中下载指定类型样本的数据

怎么从TCGA数据库中下载指定类型样本的数据

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其实可以用TCGAbiolinks 软件包中的GDCquery 函数，指定sample.type 去筛选样本。

比如：需要下载实体瘤组织的样本，那么指定sample.type 为 “Primary solid Tumor”即可：

query<-GDCquery(project="TCGA-LGG",legacy=TRUE,data.category="Geneexpression",data.type="Geneexpressionquantification",platform="IlluminaHiSeq",file.type="results",experimental.strategy="RNA-Seq",sample.type="PrimarysolidTumor")

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