如何采用TCGAbiolinks 去下载TCGA临床数据

如何采用TCGAbiolinks 去下载TCGA临床数据

小编给大家分享一下如何采用TCGAbiolinks 去下载TCGA临床数据，相信大部分人都还不怎么了解，因此分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后大有收获，下面让我们一起去了解一下吧！

采用TCGAbiolinks 去下载TCGA临床数据，并对数据进行整合

下载和处理TCGA的临床信息非常的麻烦，不同的癌症，格式还不一样，处理起来不容易。

采用TCGAbiolinks 包去下载和处理临床信息就非常的方便。

那么我们以下载胃癌病人的临床数据的为例，看看如何下载数据。

#加载需要的包library(SummarizedExperiment)library(TCGAbiolinks)############################################################GDC:https://portal.gdc.cancer.gov/############################################################设置程序参数work_dir<-"/Users/zhangqiuxue/Documents/Train/TCGA/lab/Download_Data/Clinical"#设置需要下载癌症对应的project和数据类型project<-"TCGA-STAD"data_category<-"Clinical"data_type<-"ClinicalSupplement"legacy<-FALSE#设置工作目录setwd(work_dir)#下载临床数据的结果DataDirectory<-paste0(work_dir,"/GDC/",gsub("-","_",project))#查询可以下载的数据query<-GDCquery(project=project,data.category=data_category,data.type=data_type,legacy=legacy)#该癌症总样品数量samplesDown<-getResults(query,cols=c("cases"))cat("TotalClinicalsampletodown:",length(samplesDown))#下载数据GDCdownload(query=query,directory=DataDirectory,files.per.chunk=6,method='client')#用专门的函数去整合下载好的数据clinical<-GDCprepare_clinic(query,clinical.info="patient",directory=DataDirectory)#将数据保存到文件，方便后面的进一步分析clinical_file<-paste0(DataDirectory,"_","clinical",".txt")write.csv(clinical,file=clinical_file,row.names=F,quote=F)

以上是“如何采用TCGAbiolinks 去下载TCGA临床数据”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家都有了一定的了解，希望分享的内容对大家有所帮助，如果还想学习更多知识，欢迎关注恰卡编程网行业资讯频道！