怎么从GTF中提取lncRNA的编号和名称

怎么从GTF中提取lncRNA的编号和名称

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从GTF文件中提取lncRNA对应的ID和名称

从TCGA数据中提取lncRNA的表达量时，需要知道lncRNA的编号和对应的名称。这些信息可以从GTF文件中提取。
提取的话，可以采用如下的代码实现。

#!/usr/bin/perl-wusestrict;my$biotype_file=shift@ARGV;my$gtf=shift@ARGV;my$biotype=shift@ARGV;my%biotype_list;openmy$fh2,$biotype_fileordie;while(<$fh2>){chomp;my@array=split/\t/,$_;if($array[2]eq$biotype){$biotype_list{$array[0]}=1;}}close$fh2;openmy$out,">${biotype}_info.txt"ordie;print$out"Gene_id\tGene_id_info\tgene_name\tbiotype\n";openmy$fh3,$gtfordie;while(<$fh3>){chomp;nextif/^#/;my@array=split/\t/,$_;nextunless($array[2]eq"gene");$array[8]=~/gene_id\s+"(\S+?)";.*gene_type\s+"(\S+?)";.*gene_name\s+"(\S+?)";/;my$geneid=$1;my$genebiotype=$2;my$genename=$3;my$gene_id_norm=(split("\\.",$geneid))[0];if($biotype_list{$genebiotype}){print$out"$gene_id_norm\t$geneid\t$genename\t$genebiotype\n";}}close$fh3;

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