如何下载TCGA临床信息中的用药信息

如何下载TCGA临床信息中的用药信息

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以下载用药信息为例：

#加载需要的包library(SummarizedExperiment)library(TCGAbiolinks)############################################################GDC:https://portal.gdc.cancer.gov/############################################################设置程序参数work_dir<-"/Users/zhangqiuxue/Downloads"#设置需要下载癌症对应的project和数据类型project<-"TCGA-GBM"data_category<-"Clinical"data_type<-"ClinicalSupplement"legacy<-FALSEfile_type="xml"#设置工作目录setwd(work_dir)#下载临床数据的结果DataDirectory<-paste0(work_dir,"/GDC/",gsub("-","_",project))#查询可以下载的数据query<-GDCquery(project=project,data.category=data_category,data.type=data_type,file.type=file_type,legacy=legacy)#该癌症总样品数量samplesDown<-getResults(query,cols=c("cases"))cat("TotalClinicalsampletodown:",length(samplesDown))#下载数据GDCdownload(query=query,directory=DataDirectory,files.per.chunk=6,method='client')#用专门的函数去整合下载好的数据clinical<-GDCprepare_clinic(query,clinical.info="drug",directory=DataDirectory)#将数据保存到文件，方便后面的进一步分析clinical_file<-paste0(DataDirectory,"_","clinical",".txt")write.csv(clinical,file=clinical_file,row.names=F,quote=F)

其中的关键就是设置：

file_type = "xml"

clinical.info = "drug"

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