bam文件怎么转换fastq

bam文件怎么转换fastq

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bedtools 转换bam文件为fastq文件

bamToFastqTool:bedtoolsbamtofastq(akabamToFastq)Version:v2.25.0Summary:ConvertBAMalignmentstoFASTQfiles.Usage:bamToFastq[OPTIONS]-i<BAM>-fq<FQ>Options:-fq2FASTQforsecondend.UsedifBAMcontainspaired-enddata.BAMshouldbesortedbyquerynameiscreatingpairedFASTQ.-tagsCreateFASTQbasedonthemateinfointheBAMR2andQ2tags.Tips:Ifyouwanttocreateasingle,interleavedFASTQfileforpaired-enddata,youcanjustwritebothto/dev/stdout:bedtoolsbamtofastq-ix.bam-fq/dev/stdout-fq2/dev/stdout>x.ilv.fq

直接转换成fastq 例如可以：

bamToFastq-iunmapped.bam-fqunmapped.fastq

如果需要区分出bam文件中paired reads 可以：

bamToFastq-iunmapped.bam-fqunmappedRead1.fastq-fq2unmappedRead2.fastq

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