perl怎么从gff文件中提取对应转录本ID的基因结构信息

perl怎么从gff文件中提取对应转录本ID的基因结构信息

本篇内容主要讲解“perl怎么从gff文件中提取对应转录本ID的基因结构信息”，感兴趣的朋友不妨来看看。本文介绍的方法操作简单快捷，实用性强。下面就让小编来带大家学习“perl怎么从gff文件中提取对应转录本ID的基因结构信息”吧!

脚本源代码：

useGetopt::Long;my%opts;useData::Dumper;GetOptions(\%opts,"in1=s","in2=s","out=s","h");if(!defined($opts{in1})||!defined($opts{in2})||!defined($opts{out})||defined($opts{h})){&USAGE;}open(IN1,"$opts{in1}")||die"open$opts{in1}failed\n";open(IN2,"$opts{in2}")||die"open$opts{in2}failed\n";open(OUT,">$opts{out}")||die"open$opts{out}failed\n";my%gffs;while(<IN1>){chomp;nextif/^#/;my@b=split/\t/,$_;$gffs{$b[0]}=1;}#printDumper(\%gffs);while(<IN2>){chomp;nextif(/^#/);my@a=split/\t/,$_;nextif$a[2]=~/exon/i;if($a[2]=~/^mRNA$/ior$a[2]=~/^transcript$/i){($id1)=($a[8]=~m/ID=([^;]*)/);}elsif($a[2]=~/^CDS$/ior$a[2]=~/utr/i){($id1)=($a[8]=~m/Parent=([^;]*)/);}else{next;}if(exists$gffs{$id1}){printOUT"$_\n";}}closeOUT;closeIN1;closeIN2;subUSAGE{print"usage:perl$0-in1mRNA_id.txt-in2genome.gff3-outgene_location.txt";exit;}

到此，相信大家对“perl怎么从gff文件中提取对应转录本ID的基因结构信息”有了更深的了解，不妨来实际操作一番吧！这里是恰卡编程网网站，更多相关内容可以进入相关频道进行查询，关注我们，继续学习！