perl中如何输出指定ID对应的双端fastq文件

perl中如何输出指定ID对应的双端fastq文件

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给一个fastqID列表，输出指定ID对应的双端fastq文件：

perl get_fq_by_id.pl <id><fq1><fq2><OUT1><OUT2>

给一个fastqID列表，输出指定ID对应的双端fastq文件：

die"perl$0<id><fq1><fq2><OUT1><OUT2>"unless(@ARGV==5);useBio::SeqIO;useBio::Seq;openmy$FQ1,"zcat$ARGV[1]|"ordie"$!";openmy$FQ2,"zcat$ARGV[2]|"ordie"$!";my$fq1=Bio::SeqIO->new(-fh=>$FQ1,-format=>'fastq');my$fq2=Bio::SeqIO->new(-fh=>$FQ2,-format=>'fastq');openmy$GZ1,"|gzip>$ARGV[3]"ordie$!;openmy$GZ2,"|gzip>$ARGV[4]"ordie$!;my$fqo1=Bio::SeqIO->new(-fh=>$GZ1,-format=>'fastq');my$fqo2=Bio::SeqIO->new(-fh=>$GZ2,-format=>'fastq');my%keep=();openIN,"$ARGV[0]"ordie"$!";while(<IN>){chomp;nextif/^#/;my@tmp=split(/\s+/);$keep{$tmp[0]}=1;}close(IN);my$i=0;while(my$obj1=$fq1->next_seq()andmy$obj2=$fq2->next_seq()){my$id1=$obj1->id;my$id2=$obj2->id;#print"$id1,$id2\n";#die;if(exists$keep{$id1}orexists$keep{$id2}){$fqo1->write_seq($obj1);$fqo2->write_seq($obj2);}}$fq1->close();$fq2->close();$GZ1->close();$GZ2->close();

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