agilent表达谱芯片注释信息提取的方法

agilent表达谱芯片注释信息提取的方法

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不规范的表达谱芯片注释信息提取

1、GEO数据库中 agilent表达谱芯片由与其设计往往比较个性化，涉及的芯片型号很多，使用的Cy5/Cy3的双色芯片 或者仅使用Cy3的单色芯片，数据上比较混乱，而GEO中提供的GPL信息文件格式和affymetrix 、illumina 的表达谱芯片对应的GPL格式差别较大，虽然格式整齐，并不完全规范（相对于直接利用GEOquery下载芯片注释文件而言）。

2、若直接下载标准化数据的同时，利用GEOquery下载对应的GPL芯片平台信息往往出现报错，或者提取信息过程中出现提取错误，这里针对 格式相对整齐统一的这种agilent表达谱芯片GPL信息 提供一种获取的方法，在进行芯片原始数据标准化的过程中直接获得其中的注释信息：探针和基因等对应关系。

3、此处仅以单通道芯片数据为例： 案例数据GSE83902 基于limma包读取数据，并进行预处理，标准化之后，获取的结果时一个EList对象，这个对象中包含了探针和基因之间的对应关系，先对芯片中重复的探针检测值取均值之后，获取的还是一个EList（此处用averEList向量表示取均值后的返回结果）：

查看averEList 中对应的genes信息，这个矩阵中包括了每一列信息如下 涉及探针ProbeName 和GeneName以及描述信息，之后提取保存即可：

>colnames(averEList$genes)[1]"Row""Col""Start""Sequence""ProbeUID"[6]"ControlType""ProbeName""GeneName""SystematicName""Description">Probe=averEList$genes[,c("ProbeName","GeneName","SystematicName","Description")]>head(Probe,5)ProbeNameGeneNameSystematicName1GE_BrightCornerGE_BrightCornerGE_BrightCorner2DarkCornerDarkCornerDarkCorner4A_23_P117082HEBP1NM_0159875A_33_P3246448KCNE4NM_0806716A_33_P3318220BPIFA3NM_178466Description124ref|Homosapienshemebindingprotein1(HEBP1),mRNA[NM_015987]5ref|Homosapienspotassiumvoltage-gatedchannel,Isk-relatedfamily,member4(KCNE4),mRNA[NM_080671]6ref|HomosapiensBPIfoldcontainingfamilyA,member3(BPIFA3),transcriptvariant1,mRNA[NM_178466]

注意： 不同芯片获取的EList结果中可以EList$genes 获取的矩阵涉及的列名不一致，具体情况具体对待

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