基于perl怎么提取基因家族内的串联重复基因对

基于perl怎么提取基因家族内的串联重复基因对

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基于MCScanX串联重复分析结果中的tandem文件，提取属于特定基因家族内的串联重复基因对。

脚本文件名

get_tandem_gene.pl ，运行命令为：

perlget_tandem_gene.pl-idhqs.id-tandemganlan.tandem-namehqs-od./

命令解释：

get_tandem_gene.pl脚本文件名，最后写明全路径

-id 输入基因家族基因id，文件格式如下：

Bol014029Bol014986Bol021982Bol023208Bol005493Bol008082Bol021317Bol021325Bol033054Bol033162

-tandem 输入MCScan的串联重复结果文件tandem( , 分隔），文件格式如下：

Bol004372,Bol004373Bol004375,Bol004376Bol004405,Bol004406Bol004463,Bol004462Bol004492,Bol004491Bol004611,Bol004612Bol004624,Bol004625Bol004632,Bol004633Bol004672,Bol004673Bol004680,Bol004681

-name 输出文件名前缀

-od 输出路径

输出文件格式如下（\t 分隔）：

Bol026623Bol026622Bol038386Bol038387Bol044343Bol044344

全部perl 脚本内容如下：

useData::Dumper;useGetopt::Long;usestrict;useCwdqw(abs_pathgetcwd);my%opts;GetOptions(\%opts,"id=s","tandem=s","od=s","name=s");my$od=$opts{od};$od||=getcwd;$od=abs_path($od);unless(-d$od){mkdir$od;}my$gene;my@info;my%hashG;open(IN,"$opts{id}")||die"open$opts{id}failed\n";while(<IN>){chomp;@info=split(/\s+/,$_);$gene=$info[0];$hashG{$gene}=$gene;}close(IN);my$Agene;my$Bgene;open(OUT,">$od/$opts{name}.tandem")||die"open$od/$opts{name}.tandemfailed\n";open(IN,"$opts{tandem}")||die"open$opts{tandem}failed\n";while(<IN>){chomp;@info=split(/,/,$_);$Agene=$info[0];$Bgene=$info[1];if(exists$hashG{$Agene}&&exists$hashG{$Bgene}){printOUT$Agene."\t".$Bgene."\n";}}close(IN);close(OUT);

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