perl对应的gff文件格式是什么

perl对应的gff文件格式是什么

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对应的gff文件是下面的格式：

1araport11gene36315899.+.ID=gene:AT1G01010;Name=NAC001;biotype=protein_coding1araport11mRNA36315899.+.ID=transcript:AT1G01010.1;Parent=gene:AT1G010101araport11five_prime_UTR36313759.+.Parent=transcript:AT1G01010.11araport11exon36313913.+.Parent=transcript:AT1G01010.1;Name=AT1G01010.1.exon1;constitutive=11araport11CDS37603913.+0ID=CDS:AT1G01010.1;Parent=transcript:AT1G01010.1;protein_id=AT1G01010.11araport11exon39964276.+.Parent=transcript:AT1G01010.1;Name=AT1G01010.1.exon2;constitutive=11araport11CDS39964276.+2ID=CDS:AT1G01010.1;Parent=transcript:AT1G01010.1;protein_id=AT1G01010.11araport11exon44864605.+.Parent=transcript:AT1G01010.1;Name=AT1G01010.1.exon3;constitutive=11araport11gene67889130.-.ID=gene:AT1G01020;Name=ARV1;biotype=protein_coding1araport11mRNA67888737.-.ID=transcript:AT1G01020.6;Parent=gene:AT1G01020;biotype=protein_coding1araport11exon67887069.-.Parent=transcript:AT1G01020.6;Name=AT1G01020.2.exon8;constitutive=01araport11three_prime_UTR67887069.-.Parent=transcript:AT1G01020.61araport11three_prime_UTR71577314.-.Parent=transcript:AT1G01020.61araport11exon71577450.-.Parent=transcript:AT1G01020.6;Name=AT1G01020.2.exon7;constitutive=01araport11CDS73157450.-1ID=CDS:AT1G01020.6;Parent=transcript:AT1G01020.6;protein_id=AT1G01020.61araport11exon75647649.-.Parent=transcript:AT1G01020.6;Name=AT1G01020.1.exon6;constitutive=1

脚本在遇到gff文件第三列为gene时，匹配gene_id，但是不同的平台和软件gene_id对应的前缀也不一样，如上图所示前缀是ID=gene:，所以脚本匹配时是：

$a[8]=~m/ID=gene:([^;]*);/;

如果你的gff文件第八列gene_id对应的前缀也不一样，例如如下所示：

1araport11gene1164913714.-.ID=AT1G01030;Name=NGA3;biotype=protein_coding

你就需要修改一下脚本，将匹配内容改为如下所示：

$a[8]=~m/ID=([^;]*);/;

这样脚本才能正确匹配，提取信息。

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