perl如何提取GFF中所有转录本的位置信息

perl如何提取GFF中所有转录本的位置信息

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提取基因组注释文件GFF中所有基因转录本的位置信息，以及转录本对应的基因的ID：

perl代码如下：

#!/usr/bin/perl-wusestrict;useCwdqw(abs_pathgetcwd);useGetopt::Long;useData::Dumper;die"perl$0<gff><outfile>"unless(@ARGV==2);my$gff=$ARGV[0];my%gene=();my%gene_region=();my%mRNA2Gene=();openIN,"$gff"ordie"$!";openOUT,">$ARGV[1]"ordie"$!";printOUT"#mRNA_ID\tgene_ID\tchr\tstart\tend\tstrand\n";while(<IN>){chomp;nextif(/^#/);my@tmp=split(/\t/);if($tmp[2]=~/^gene/){my($id)=($tmp[8]=~/ID=([^;]+)/);$gene{$id}=1;$gene_region{$id}=[$tmp[0],$tmp[3],$tmp[4],$tmp[6]];#print"gene:$id\n";#my$gene_chr->{$id}=$tmp[0];}if($tmp[2]=~/mRNA|transcript/i){my($id)=($tmp[8]=~/ID=([^;]+)/);my($pid)=($tmp[8]=~/Parent=([^;]+)/);if(exists$gene{$pid}){printOUT"$id\t$pid\t$tmp[0]\t$tmp[3]\t$tmp[4]\t$tmp[6]\n";}#print"mRNA:$id\n";}}close(IN);close(OUT);

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