perl如何输出基因的位置信息

perl如何输出基因的位置信息

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perl输出基因的位置信息按照基因所在染色体，和位置信息排序

我们在整理基因组的gff文件，想输出基因的位置信息，以及基因所对应的多个转录本信息，需要对基因按照染色体排序，这里使用到了perl里面hash按照值来排序，而且还用了两个值基因型排序。示例代码如下，以下代码可以从gff文件当中提取所有基因的位置信息以及对应的多个转录本信息：

perl代码如下：

#!/usr/bin/perl-wusestrict;useCwdqw(abs_pathgetcwd);useGetopt::Long;useData::Dumper;die"perl$0<gff><outfile>"unless(@ARGV==2);my$gff=$ARGV[0];my%gene=();my%gene_region=();my%mRNA2Gene=();my%Gene2mRNA=();openIN,"$gff"ordie"$!";openOUT,">$ARGV[1]"ordie"$!";printOUT"#gene_ID\tchr\tstart\tend\tstrand\ttranscript_id\n";while(<IN>){chomp;nextif(/^#/);my@tmp=split(/\t/);if($tmp[2]=~/^gene/){my($id)=($tmp[8]=~/ID=([^;]+)/);$gene{$id}=1;$gene_region{$id}=[$tmp[0],$tmp[3],$tmp[4],$tmp[6]];#print"gene:$id\n";#my$gene_chr->{$id}=$tmp[0];}if($tmp[2]=~/mRNA|transcript/i){my($id)=($tmp[8]=~/ID=([^;]+)/);my($pid)=($tmp[8]=~/Parent=([^;]+)/);if(exists$gene{$pid}){push@{$Gene2mRNA{$pid}},$id;}#print"mRNA:$id\n";}}close(IN);#多层排序，先按染色体排序，再按基因位置排序formy$id(sort{$gene_region{$a}->[0]cmp$gene_region{$b}->[0]or$gene_region{$a}->[1]<=>$gene_region{$b}->[1]}keys%gene_region){printOUT"$id\t".join("\t",(@{$gene_region{$id}},sort@{$Gene2mRNA{$id}}))."\n";}close(OUT);

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