perl如何批量计算蛋白质分子量

perl如何批量计算蛋白质分子量

本文小编为大家详细介绍“perl如何批量计算蛋白质分子量”,内容详细,步骤清晰,细节处理妥当,希望这篇“perl如何批量计算蛋白质分子量”文章能帮助大家解决疑惑,下面跟着小编的思路慢慢深入,一起来学习新知识吧。

perl脚本如下:

perl如何批量计算蛋白质分子量

die"perl$0<in><out>"unless(@ARGV==2);useBio::SeqIO;useBio::Seq;useBio::Tools::SeqStats;useBio::Tools::pICalculator;useData::Dumper;#读入序列my$in=Bio::SeqIO->new(-file=>"$ARGV[0]",-format=>'Fasta');openOUT,">$ARGV[1]"ordie"$!";printOUT"#ID\tlength\tMV(Da)\tpI\n";my$calc=Bio::Tools::pICalculator->new(-places=>2,-pKset=>'EMBOSS');#逐条读取序列while(my$seq=$in->next_seq()){my($id,$sequence,$desc)=($seq->id,$seq->seq,$seq->desc);my$weight=Bio::Tools::SeqStats->get_mol_wt($seq);$calc->seq($seq);my$iep=$calc->iep;printOUTsprintf("%s\t%s\t%s\t%s\n",$seq->id,$seq->length,"$weight->[0]",$iep);}$in->close();close(OUT);

读到这里,这篇“perl如何批量计算蛋白质分子量”文章已经介绍完毕,想要掌握这篇文章的知识点还需要大家自己动手实践使用过才能领会,如果想了解更多相关内容的文章,欢迎关注恰卡编程网行业资讯频道。

发布于 2022-03-18 22:46:18
收藏
分享
海报
0 条评论
31
上一篇:ggplot2怎么控制饼图中添加文字的位置 下一篇:perl中#!/usr/bin/perl的含义是什么
目录

    0 条评论

    本站已关闭游客评论,请登录或者注册后再评论吧~

    忘记密码?

    图形验证码