如何分析KEGG Disease 数据库
如何分析KEGG Disease 数据库
如何分析KEGG Disease 数据库，相信很多没有经验的人对此束手无策，为此本文总结了问题出现的原因和解决方法，通过这篇文章希望你能解决这个问题。
kegg disease 数据库收录了已经报告的各种疾病的信息，每个记录用H Number 唯一标识， 比如H00004。
在kegg 中，将疾病视作分子网络的一个不正常的状态。所有的遗传因素，环境因子，药物等因素都被视作潜在的影响因素，所以在disease 数据库中，还收录了每种疾病相关的影响因素，以及它们之间的相互关系。对于这些影响因素的之间的相互关系，采用pathway 通路来进行展示。比如 H00004 对应的pathway 为 hsa05220。
在通路中，我们可以看到有些红色标记的方框，这些其实就是和该疾病相关的基因。对于那些在disease 数据库中已有记录的疾病而言，我们可以查找到该疾病相关的致病基因。
和kegg orthology 等数据库类似，disease 数据库当然也有对应的分类信息。但是分类标准比较多，既有kegg 自己的标准，也有国际标准 ICD-10；
因为人类疾病的研究和我们日常生活最为密切相关，所以单独对human disease 进行了详细的分类，见以下文件
http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?br08402.keg
所有物种（包括human）的疾病信息的分类对应以下两个文件：
第一个文件为kegg 自己定义的分类标准, 主要依据物种分类信息
http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?br08401_genome.keg
第二个文件为国际上对疾病的分类标准 ICD-10 分类系统
http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?br08403.keg
所以对于disease 数据库中的记录而言，最多会有3种分类体系的注释。
对于human 相关疾病而言，专门在pathway 数据库中开辟了一个新的分类， Human Disease， 用于展示人类疾病相关各种因素之间的相互作用信息；
kegg 还专门针对疾病的致病基因，药物的靶标基因在通路图上进行了标记，这些特异性的通路图采用 hsadd 编号，比如 hsadd04620。
在这些通路图中，当一个基因和该疾病相关（可能的致病基因）时，用粉色标记；当一个基因为药物的靶点时，用淡蓝色标记，如果同时为致病基因和药物靶点，则一半为淡蓝色，一半为粉色。
注意绿色和疾病没有关系，绿色是物种的通路图中，将该物种的KO 进行了绿色的高亮显示。
disease 数据库收录了各种物种相关的疾病信息，最主要的是人类相关的疾病。对于疾病的分类，既有kegg 自己根据物种信息提供的分类标准，也有国际通用的ICD-10 标准；对于human disease, 更是单独提供了更加详细的分类；
对于人类相关疾病，专门提供了pathway 通路图，描绘疾病相关因素之间的相互作用关系；同时还针对疾病致病基因和药物靶标基因，在通路图上进行了标注，这些通路图的编号以
hsadd开头。
看完上述内容，你们掌握如何分析KEGG Disease 数据库的方法了吗？如果还想学到更多技能或想了解更多相关内容，欢迎关注恰卡编程网行业资讯频道，感谢各位的阅读！
