如何分析KEGG COMPOUND 数据库
如何分析KEGG COMPOUND 数据库
如何分析KEGG COMPOUND 数据库，相信很多没有经验的人对此束手无策，为此本文总结了问题出现的原因和解决方法，通过这篇文章希望你能解决这个问题。
kegg compound 数据库存储了在生命活动中发挥作用的各种小分子，生物大分子和其他类型的化学物质，采用C number 进行标识，比如C00047, 代表L-赖氨酸。除了名称等信息外，还存储了该物质的化学结构和其他相关信息；
对于所有compound 的分类详见 Brite 数据库
包括有机酸, 脂类， 碳水化合物， 核酸，肽链，维生素和辅助因子，类固醇，激素和递质，抗生素共9大类别；
看下每条记录的详细信息，以甲酸C000为例
http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?cpd:C00058
上面的信息可以分成两大类：
1.基本信息
| Entry | C Number, 在数据库中的唯一标识符 |
|---|---|
| Name | 名称 |
| Formula | 化学式 |
| Extract Mass | 质量 |
| Mol weight | 分子量 |
| structure | 结构 |
2.与其他数据库的链接
| Reaction | 该分子涉及到的的Reaction |
|---|---|
| Pathway | 该分子参与的通路 |
| Module | 该分子参与的module |
| Enzyme | 该分子相关的酶 |
| DB | 第三方数据库的链接 |
Reaction 数据库存储的是各种compound 之间的反应，所以会有Reaction的链接，比如 R00134
Pathway 数据库整合了ko, module, reaction, compound 等多个数据库库的信息，所以也会给出compound 参与的通路，在通路中，对应的compound 会高亮显示， 如下图中红色标记的圆形。
Module 是ko的集合，但是ko只是基因集，真正参与生命活动的是这些基因的产物，在产物发挥作用的时候，也需要compound 的参与，所有会给出compound 相关的module。
Enzyme 数据库保存各种酶的相关信息，酶作为催化剂调控一些生物学过程的发生和进行，在这个过程中肯定也会有compound 的参与；比如1.1.1.306 这种酶催化的反应中， 供体提供甲酸才能进行反应，所以会给出compound 对应的Enzyme 编号；
compound 数据库存储了参与生命活动的各种分子的信息，数据库中的记录用C Number唯一标识， 每条分子都有对应的化学式，结构式，分子量等基本信息；
compound 和reaction , module， pathway， enzeme 等多个数据库都有联系；
看完上述内容，你们掌握如何分析KEGG COMPOUND 数据库的方法了吗？如果还想学到更多技能或想了解更多相关内容，欢迎关注恰卡编程网行业资讯频道，感谢各位的阅读！
