R语言怎么批量读取某路径下文件内容
R语言怎么批量读取某路径下文件内容
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R刚入门的时候，能够正确读取单个文件就觉得小有成就，随着时间的积累，单一文件地读取已经不能满足需求了，此时，批量地做就是解放双手地过程。
使用for循环把下载地TCGA数据读入R语言并转换成数据框
使用三个for循环来完成，这是第一个for循环。
1. 把所有数据读入在一个文件夹中
dir.create("data_in_one")#创建目标文件夹，也可右键创建dir("rawdata/")#查看原路径的内容for(dirnameindir("rawdata/")){##1.要查看的单个文件夹的绝对路径mydir<-paste0(getwd(),"/rawdata/",dirname)##2.找到对应文件夹中的文件并提取名称，pattern表示模式，可以是正则表达式file<-list.files(mydir,pattern="*.counts")##3.当前文件的绝对路径是myfile<-paste0(mydir,"/",file)##4.复制这个文件到目的文件夹file.copy(myfile,"data_in_one")}
2. 寻找TCGA ID并让文件名称和TCGA ID保持一致。
第二个for循环。文件名称和TCGA ID的对应关系，藏在了metadata中。
metadata<-jsonlite::fromJSON("data/metadata.cart.2021-05-28.json")metadata_id<-metadata[,c("file_name","associated_entities")]##1.准备容器,已经存在，我们把新数据添加在第三列metadata_id##2.循环操作for(iin1:nrow(metadata_id)){print(i)metadata_id[i,3]<-metadata_id$associated_entities[i][[1]]$entity_submitter_id}##重新命名colnames(metadata_id)[3]<-"TCGA_id"
行排序，为了把文件名称和TCGA_id对应起来。读入的顺序和复制到新路径的顺序不一致，这一步的目的是让其保持一致。
rownames(metadata_id)<-metadata_id[,1]metadata_id<-metadata_id[files,]
3. 输入文件名并提取文件的第二列(counts列)
#install.packages("data.table")#构建函数myfread<-function(files){data.table::fread(paste0("data_in_one/",files))$V2}##测试文件test<-myfread(files[1])
4.1 使用for循环来批量读入并整合到一个数据框。
##1.创建容器gene_id<-data.table::fread(paste0("data_in_one/",files[1]))$V1expr_df<-data.frame(gene_id=gene_id)##2.按照列读入for(iin1:length(files)){print(i)expr_df[,i+1]=myfread(files[i])}##增加列名colnames(expr_df)<-c("gene_id",metadata_id$TCGA_id)###意外发现tail(expr_df$gene_id,10)###去掉最后5行(nrow(expr_df)-5)expr_df<-expr_df[1:(nrow(expr_df)-5),]save(expr_df,file="output/BRCA_RNASEQ_exprdf.Rdata")
4.2 使用lapply + function 模式
1.函数
myfread<-function(files){data.table::fread(paste0("data_in_one/",files))$V2}###2.lapplydd=lapply(files,myfread)###3.do.callexpr_df=as.data.frame(do.call(cbind,dd))###4.添加名称colnames(expr_df)=metadata_id$TCGA_idrownames(expr_df)=data.table::fread(paste0("data_in_one/",files[1]))$V1
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