怎么使用R语言筛选基因

怎么使用R语言筛选基因

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筛选基因

基因表达数据矩阵，输入数据截图

代码部分：

myfpkm<-read.table("All_gene_fpkm.txt",header=TRUE,comment.char="",sep="\t",check.names=FALSE,row.names=1)head(myfpkm)myfpkm[order(rowSums(myfpkm),decreasing=T)[1:5000],]#筛选表达量高的前5000个基因myfpkm[rowSums(myfpkm)>1,]#筛选掉表达量低的基因minRowFPKM=rowMeans(myfpkm)>2#按平均数筛选minNumFPKM=rowSums(myfpkm>0)>10#表达量不为0的样品个数筛选myfpkm=myfpkm[minRowFPKM&minNumFPKM,]#联合一下

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