TPM,FPKM(R语言怎么计算转录组中Count)

R语言怎么计算转录组中Count, TPM,FPKM

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R 代码如下：

countToTpm<-function(counts,effLen){rate<-log(counts)-log(effLen)denom<-log(sum(exp(rate)))exp(rate-denom+log(1e6))}countToFpkm<-function(counts,effLen){N<-sum(counts)exp(log(counts)+log(1e9)-log(effLen)-log(N))}fpkmToTpm<-function(fpkm){exp(log(fpkm)-log(sum(fpkm))+log(1e6))}countToEffCounts<-function(counts,len,effLen){counts*(len/effLen)}

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