如何使用ggraph包绘制展示相关性的网络图
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ggraph包绘制展示相关性的网络图
使用方法:
$Rscriptscripts/corr_network.r-husage:scripts/corr_network.r[-h]-gGENE_DATA-pP_DATA-rR_DATA[-PP_VALUE][-RR_VALUE][-HHEIGHT][-WWIDTH][-oOUTDIR][-fPREFIX]Networkdiagramofcorrelation：https://www.恰卡编程网.com/article/1574optionalarguments:-h,--helpshowthishelpmessageandexit-gGENE_DATA,--gene_dataGENE_DATAEnterthefilepaththatcontainsthegenesymbolandgenegrouping[required]-pP_DATA,--p_dataP_DATAinputdatafilepath[required]-rR_DATA,--r_dataR_DATAinputdatafilepath[required]-PP_VALUE,--P_valueP_VALUEPvalueofcorrelation[optional,default0.05]-RR_VALUE,--R_valueR_VALUEthecorrelationcoefficient[optional,default0.3]-HHEIGHT,--heightHEIGHTtheheightofplot[optional,default6]-WWIDTH,--widthWIDTHthewidthofplot[optional,default6]-oOUTDIR,--outdirOUTDIRoutputfiledirectory[optional,defaultcwd]-fPREFIX,--prefixPREFIXoutfilenameprefix[optional,defaultm6a_corr]
参数说明：
-g 输入含有基因名称及基因分组的文件：
ID
| group
|
RBM15
| W
|
RBM15B
| W
|
METTL14
| W
|
-r 输入相关性分析的R值结果文件：
| YTHDC2
| ELAVL1
| IGF2BP2
| YTHDC1
| ALKBH5
|
YTHDC2
| 1
| 0.100844958115642
| -0.199266632575919
| 0.546179408118954
| 0.075091821006311
|
ELAVL1
| 0.100844958115642
| 1 | 0.150532385539874
| 0.225088605909775
| 0.298942427929541
|
IGF2BP2
| -0.199266632575919
| 0.150532385539874
| 1 | -0.233843565264036
| -0.172593213718997
|
-p 输入相关性分析的P值结果文件：
| YTHDC2
| ELAVL1
| IGF2BP2
| YTHDC1
| ALKBH5
|
YTHDC2
| 0
| 0.0193039987188
| 3.192988377154e-06
| 3.66906551176e-43
| 0.0818330030147
|
ELAVL1
| 0.0193039987188
| 0 | 0.000459299744619
| 1.315965760206e-07
| 1.43806714122e-12
|
IGF2BP2
| 3.19298837715e-06
| 0.000459299744619
| 0 | 4.074092694927e-08
| 5.71701876639e-05
|
-P、-R
指定P值和R值的阈值，默认P值为0.05，R值为0.3
使用举例：
Rscript../scripts/corr_network.r-g../m6a.tsv-pm6a_corr_p.tsv\-rm6a_corr_r.tsv-P0.001-R0.4
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