如何使用ggraph包绘制展示相关性的网络图
如何使用ggraph包绘制展示相关性的网络图
这篇文章主要为大家展示了“如何使用ggraph包绘制展示相关性的网络图”，内容简而易懂，条理清晰，希望能够帮助大家解决疑惑，下面让小编带领大家一起研究并学习一下“如何使用ggraph包绘制展示相关性的网络图”这篇文章吧。
ggraph包绘制展示相关性的网络图
使用方法:
$Rscriptscripts/corr_network.r-husage:scripts/corr_network.r[-h]-gGENE_DATA-pP_DATA-rR_DATA[-PP_VALUE][-RR_VALUE][-HHEIGHT][-WWIDTH][-oOUTDIR][-fPREFIX]Networkdiagramofcorrelation：https://www.恰卡编程网.com/article/1574optionalarguments:-h,--helpshowthishelpmessageandexit-gGENE_DATA,--gene_dataGENE_DATAEnterthefilepaththatcontainsthegenesymbolandgenegrouping[required]-pP_DATA,--p_dataP_DATAinputdatafilepath[required]-rR_DATA,--r_dataR_DATAinputdatafilepath[required]-PP_VALUE,--P_valueP_VALUEPvalueofcorrelation[optional,default0.05]-RR_VALUE,--R_valueR_VALUEthecorrelationcoefficient[optional,default0.3]-HHEIGHT,--heightHEIGHTtheheightofplot[optional,default6]-WWIDTH,--widthWIDTHthewidthofplot[optional,default6]-oOUTDIR,--outdirOUTDIRoutputfiledirectory[optional,defaultcwd]-fPREFIX,--prefixPREFIXoutfilenameprefix[optional,defaultm6a_corr]
参数说明：
-g 输入含有基因名称及基因分组的文件：
| ID | group |
| RBM15 | W |
| RBM15B | W |
| METTL14 | W |
-r 输入相关性分析的R值结果文件：
| YTHDC2 | ELAVL1 | IGF2BP2 | YTHDC1 | ALKBH5 | |
| YTHDC2 | 1 | 0.100844958115642 | -0.199266632575919 | 0.546179408118954 | 0.075091821006311 |
| ELAVL1 | 0.100844958115642 | 1 | 0.150532385539874 | 0.225088605909775 | 0.298942427929541 |
| IGF2BP2 | -0.199266632575919 | 0.150532385539874 | 1 | -0.233843565264036 | -0.172593213718997 |
-p 输入相关性分析的P值结果文件：
| YTHDC2 | ELAVL1 | IGF2BP2 | YTHDC1 | ALKBH5 | |
| YTHDC2 | 0 | 0.0193039987188 | 3.192988377154e-06 | 3.66906551176e-43 | 0.0818330030147 |
| ELAVL1 | 0.0193039987188 | 0 | 0.000459299744619 | 1.315965760206e-07 | 1.43806714122e-12 |
| IGF2BP2 | 3.19298837715e-06 | 0.000459299744619 | 0 | 4.074092694927e-08 | 5.71701876639e-05 |
-P、-R
指定P值和R值的阈值，默认P值为0.05，R值为0.3
使用举例：
Rscript../scripts/corr_network.r-g../m6a.tsv-pm6a_corr_p.tsv\-rm6a_corr_r.tsv-P0.001-R0.4
以上是“如何使用ggraph包绘制展示相关性的网络图”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家都有了一定的了解，希望分享的内容对大家有所帮助，如果还想学习更多知识，欢迎关注恰卡编程网行业资讯频道！
