如何使用R包ggplot2绘制哑铃图展示基因的CNV突变频率
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R包ggplot2绘制哑铃图展示基因的CNV突变频率
使用方法:
$Rscriptscripts/cnv_dumbbell_plot.r-husage:scripts/cnv_dumbbell_plot.r[-h]-cCNV_DATA-gGENE_SYMBOL[-HHEIGHT][-WWIDTH][-oOUTDIR][-pPREFIX]CNV_Dumbbell_plot:https://www.恰卡编程网.com/article/1572optionalarguments:-h,--helpshowthishelpmessageandexit-cCNV_DATA,--cnv_dataCNV_DATAinputcnvdatafilepath[required]-gGENE_SYMBOL,--gene_symbolGENE_SYMBOLEnterthefilepaththatcontainsthegenesymbol[required]-HHEIGHT,--heightHEIGHTtheheightofdumbbellplot[optional,default6]-WWIDTH,--widthWIDTHthewidthofdumbbellplot[optional,default8]-oOUTDIR,--outdirOUTDIRoutputfiledirectory[optional,defaultcwd]-pPREFIX,--prefixPREFIXoutfilenameprefix[optional,defaultm6a_cnv]
参数说明：
-c 输入拷贝数变异数据经过GISTIC软件分析过后的结果文件：
Gene Symbol
| Locus ID
| Cytoband
| TCGA-3Z-A93Z-01A-11D-A36W-01
| TCGA-6D-AA2E-01A-11D-A36W-01
| TCGA-A3-3306-01A-01D-0858-01
| TCGA-A3-3307-01A-01D-0858-01
| TCGA-A3-3308-01A-02D-1322-01
|
ACAP3
| 116983
| 1p36.33
| -0.001
| 0.002
| 0.009
| 0.015
| 0.005
|
ACTRT2
| 140625
| 1p36.32
| -0.001
| 0.002
| 0.009
| 0.015
| 0.005
|
-g 输入用于绘制哑铃图的基因文件：
ID
| group
|
RBM15
| W
|
RBM15B
| W
|
METTL14
| W
|
-H和-W 指定生成图片的高和宽，默认高为6，宽为8
使用举例：
Rscript../scripts/cnv_dumbbell_plot.r-g../m6a.tsv\-c../01.TCGA_data/TP_CNV_Gistic2_Level_4/all_data_by_genes.txt
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