如何使用R包ggplot2绘制哑铃图展示基因的CNV突变频率
如何使用R包ggplot2绘制哑铃图展示基因的CNV突变频率
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R包ggplot2绘制哑铃图展示基因的CNV突变频率
使用方法:
$Rscriptscripts/cnv_dumbbell_plot.r-husage:scripts/cnv_dumbbell_plot.r[-h]-cCNV_DATA-gGENE_SYMBOL[-HHEIGHT][-WWIDTH][-oOUTDIR][-pPREFIX]CNV_Dumbbell_plot:https://www.恰卡编程网.com/article/1572optionalarguments:-h,--helpshowthishelpmessageandexit-cCNV_DATA,--cnv_dataCNV_DATAinputcnvdatafilepath[required]-gGENE_SYMBOL,--gene_symbolGENE_SYMBOLEnterthefilepaththatcontainsthegenesymbol[required]-HHEIGHT,--heightHEIGHTtheheightofdumbbellplot[optional,default6]-WWIDTH,--widthWIDTHthewidthofdumbbellplot[optional,default8]-oOUTDIR,--outdirOUTDIRoutputfiledirectory[optional,defaultcwd]-pPREFIX,--prefixPREFIXoutfilenameprefix[optional,defaultm6a_cnv]
参数说明：
-c 输入拷贝数变异数据经过GISTIC软件分析过后的结果文件：
| Gene Symbol | Locus ID | Cytoband | TCGA-3Z-A93Z-01A-11D-A36W-01 | TCGA-6D-AA2E-01A-11D-A36W-01 | TCGA-A3-3306-01A-01D-0858-01 | TCGA-A3-3307-01A-01D-0858-01 | TCGA-A3-3308-01A-02D-1322-01 |
| ACAP3 | 116983 | 1p36.33 | -0.001 | 0.002 | 0.009 | 0.015 | 0.005 |
| ACTRT2 | 140625 | 1p36.32 | -0.001 | 0.002 | 0.009 | 0.015 | 0.005 |
-g 输入用于绘制哑铃图的基因文件：
| ID | group |
| RBM15 | W |
| RBM15B | W |
| METTL14 | W |
-H和-W 指定生成图片的高和宽，默认高为6，宽为8
使用举例：
Rscript../scripts/cnv_dumbbell_plot.r-g../m6a.tsv\-c../01.TCGA_data/TP_CNV_Gistic2_Level_4/all_data_by_genes.txt
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