table2itol怎么安装设置

魁首哥

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table2itol怎么安装设置

本篇内容介绍了“table2itol怎么安装设置”的有关知识，在实际案例的操作过程中，不少人都会遇到这样的困境，接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧！希望大家仔细阅读，能够学有所成！

table2itol简介

table2itol是在GitHup上公开的R语言包，其作用是专门为iTOL生成所需的注释文件，只需准备表格形式的数据，包含配色方案的注释文件就会自动生成，极大提高了准备注释文件的效率。

table2itol怎么安装设置

table2itol下载安装

对于习惯使用Linux系统的同学，可以这样安装：

wgethttps://github.com/mgoeker/table2itol/archive/master.zipunzipmaster.zip##测试cdtable2itol-masterRscripttable2itol.Rchmod+xtable2itol.R./table2itol.R

习惯使用Windows系统的同学，可以这样安装：

GitHup上直接下载table2itol压缩包，解压后放在F:\software 文件夹下。在R或Rstudio中导入table2itol.R。

setwd("F:/software/table2itol-master")source("table2itol.R")

table2itol依赖包安装

在R或Rstudio中，安装方法如下：

###安装依赖包site="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN"#依赖包列表：参数解析、数据变换、绘图和开发包安装、安装依赖、ggplot主题package_list=c("grid","ggplot2","gridExtra","vegan","reshape2","readODS")#判断R包加载是否成功来决定是否安装后再加载for(pinpackage_list){if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p,character.only=TRUE,quietly=TRUE,warn.conflicts=FALSE)))){install.packages(p,repos=site)suppressWarnings(suppressMessages(library(p,character.only=TRUE,quietly=TRUE,warn.conflicts=FALSE)))}}####安装缺少的R包source("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite(c("optparse","plotrix","readODS","readxl","yaml"))

输入文件准备

table2itol的输入文件格式很多，以最常用的表格为例

选项设置

table2itol.R的选项有很多，不同选项可生成不同的注释文件，选项列表如下：

Options:-a,--abortAbortifarequestedcolumncannotbefoundinsteadofjustskippingthedataset[default:FALSE]-bNAME,--background=NAMEColumntodefinethebackgroundcoloursofthetiplabels;emptymeansnobackgroundcolours[default:]-cNAME,--conversion=NAMEConvertintegercolumnstofactors('factor')ornumberswithdecimalpoints('double')orjustnot0/1tologicalvectors('keep')[default:none]-CFILE,--colour-file=FILEFileinYAMLformatdefiningalternativecolourvectorsfordomainoutput[default:]-d,--double-to-barsCreatebarcharts,notgradients,fromnumberswithdecimalpoints('double')[default:FALSE]-DDIR,--directory=DIRPlaceoutputfilesinthisdirectory('.'meansworkingdirectory,emptymeansinputfiledirectory)[default:.]-eNAME,--emblems=NAMEColumntodefinesymbolassignments;ignoredifempty[default:]-fNUMBER,--favour=NUMBERNumericfactorforfavouringcoloursoversymbols(higher=>morecoloursrelativetosymbols)[default:1]-GFILE,--gradient-file=FILEFileinYAMLformatdefiningalternativecoloursforgradientandbinaryoutput[default:]-h,--helpShowthishelpmessage,thenexit[default:FALSE]-iNAME,--identifier=NAMEMandatoryidentifiercolumn;aftermodificationasdefinedby--templatethiscolumnmustyieldthetiplabelsofthetree[default:ID]-jNAME,--identifier2=NAMEOptional2ndidentifiercolumn,causingoutputofbranchsymbols;togetherwith-ithisidentifiesanode[default:]-lNAME,--label=NAMEColumntodefinethetiplabelsdisplayedinthepictureinplaceofthetiplabelsfoundinthetree[default:Label]-mINTEGER,--max-size=INTEGERExceedingthisthresholdcausesfewercoloursandmoresymbolstobeselected(seealso--favour);alsodeterminessizeofbranchsymbols[default:20]-nTEXT,--na-strings=TEXTSentinelsformissinginputvalues;severalcanbeprovided,separatedbythevalueof--separator[default:(null)NA]-oNUMBER,--opacity=NUMBERNumericfactorforthetransparencyofthecolours(0=>transparent,1=>fullyopaque)[default:1]-pINTEGER,--precision=INTEGERNumberofdecimalpointsusedinthegradientlegends[default:1]-rTEXT/NUMBER,--restrict=TEXT/NUMBERHowtoselectfromnumericvaluesthatyieldbranchsymbols[default:]-sCHARACTER,--separator=CHARACTERInputcolumnseparatorforCSV-likefiles[default:]-tPATTERN,--template=PATTERNTemplateforsprintffunctiontoconvertIDcolumnwhendeviatingfromtiplabels[default:%s]-wNUMBER,--width=NUMBERBorderwithusedfordomains,colourstripsetc.[default:0.5]

也可在解压安装目录下的 table2itol_help.txt 文件或者直接调用帮助信息查看。大家灵活选择使用的选项即可。