Blast比对软件怎么用

Blast比对软件怎么用

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Blast比对软件大概是是短序列局部比对软件中最常用的一个了，但是其参数众多，一些参数一直没好好仔细研究过，如下：#### 增加blast比对结果信息

blast的-outfmt参数，使blastp -help即可查看每个输出格式的信息，如下所示：

***Formattingoptions-outfmt<String>alignmentviewoptions:0=Pairwise,1=Query-anchoredshowingidentities,2=Query-anchorednoidentities,3=Flatquery-anchoredshowingidentities,4=Flatquery-anchorednoidentities,5=BLASTXML,6=Tabular,7=Tabularwithcommentlines,8=Seqalign(TextASN.1),9=Seqalign(BinaryASN.1),10=Comma-separatedvalues,11=BLASTarchive(ASN.1),12=Seqalign(JSON),13=Multiple-fileBLASTJSON,14=Multiple-fileBLASTXML2,15=Single-fileBLASTJSON,16=Single-fileBLASTXML2,18=OrganismReportOptions6,7and10canbeadditionallyconfiguredtoproduceacustomformatspecifiedbyspacedelimitedformatspecifiers.Thesupportedformatspecifiersare:qseqidmeansQuerySeq-idqgimeansQueryGIqaccmeansQueryaccesionqaccvermeansQueryaccesion.versionqlenmeansQuerysequencelengthsseqidmeansSubjectSeq-idsallseqidmeansAllsubjectSeq-id(s),separatedbya';'sgimeansSubjectGIsallgimeansAllsubjectGIssaccmeansSubjectaccessionsaccvermeansSubjectaccession.versionsallaccmeansAllsubjectaccessionsslenmeansSubjectsequencelengthqstartmeansStartofalignmentinqueryqendmeansEndofalignmentinquerysstartmeansStartofalignmentinsubjectsendmeansEndofalignmentinsubjectqseqmeansAlignedpartofquerysequencesseqmeansAlignedpartofsubjectsequenceevaluemeansExpectvaluebitscoremeansBitscorescoremeansRawscorelengthmeansAlignmentlengthpidentmeansPercentageofidenticalmatchesnidentmeansNumberofidenticalmatchesmismatchmeansNumberofmismatchespositivemeansNumberofpositive-scoringmatchesgapopenmeansNumberofgapopeningsgapsmeansTotalnumberofgapspposmeansPercentageofpositive-scoringmatchesframesmeansQueryandsubjectframesseparatedbya'/'qframemeansQueryframesframemeansSubjectframebtopmeansBlasttracebackoperations(BTOP)staxidmeansSubjectTaxonomyIDsscinamemeansSubjectScientificNamescomnamemeansSubjectCommonNamesblastnamemeansSubjectBlastNamesskingdommeansSubjectSuperKingdomstaxidsmeansuniqueSubjectTaxonomyID(s),separatedbya';'(innumericalorder)sscinamesmeansuniqueSubjectScientificName(s),separatedbya';'scomnamesmeansuniqueSubjectCommonName(s),separatedbya';'sblastnamesmeansuniqueSubjectBlastName(s),separatedbya';'(inalphabeticalorder)sskingdomsmeansuniqueSubjectSuperKingdom(s),separatedbya';'(inalphabeticalorder)stitlemeansSubjectTitlesalltitlesmeansAllSubjectTitle(s),separatedbya'<>'sstrandmeansSubjectStrandqcovsmeansQueryCoveragePerSubjectqcovhspmeansQueryCoveragePerHSPqcovusmeansQueryCoveragePerUniqueSubject(blastnonly)

其实我们一般常用的就是-outfmt 5或者-outfmt 6，前者输出XML格式，后者输出TAB分割格式；前者信息比较全，用处也相对比较广，而后者则是平时最为常用的格式（也是一些软件喜欢调用的格式）

TAB格式每列信息如下（可以对照上面的说明理解一下）：

qseqidsseqidpidentlengthmismatchgapopenqstartqendsstartsendevaluebitscore

但我们有时想要的并不止上述12列信息，比如我还想知道比对结果的覆盖度信息（qcovs：Query Coverage Per Subject）

其实只要在blast比对命令中先事先加上需要增加的列ID即可，如在outfmt 6基础上加上覆盖度信息：

-outfmt"6qseqidsseqidpidentlengthmismatchgapopenqstartqendsstartsendevaluebitscoreqcovs"

注：需要几列就一直往上加即可，空格分割

到此，关于“Blast比对软件怎么用”的学习就结束了，希望能够解决大家的疑惑。理论与实践的搭配能更好的帮助大家学习，快去试试吧！若想继续学习更多相关知识，请继续关注恰卡编程网网站，小编会继续努力为大家带来更多实用的文章！