pheatmap NA/NaN/Inf聚类错误怎么解决

pheatmap NA/NaN/Inf聚类错误怎么解决

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pheatmap 绘图出现报错信息类似：

Error in hclust(d, method = method) : 外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg11)

出现此类错误多数情况是数据在绘图过程中进行处理后 出现NA/NaN/Inf导致无法进行聚类。

其一是原数据中本身存在NA等情况，其二是原数据存在数据完全无变化，但pheatmap()函数中却选择了scale参数进行处理。例如其中一个基因（row）数值完全无变化，scale处理将产生NaN 之后外调hclust将无法成功

>A=c(1,1,1,1,1,1,1)>scale(A)[,1][1,]NaN[2,]NaN[3,]NaN[4,]NaN[5,]NaN[6,]NaN[7,]NaNattr(,"scaled:center")[1]1attr(,"scaled:scale")[1]0>hclust(scale(A))Errorinif(is.na(n)||n>65536L)stop("sizecannotbeNAnorexceed65536"):missingvaluewhereTRUE/FALSEneeded

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