如何使用awk筛选差异基因

如何使用awk筛选差异基因

小编给大家分享一下如何使用awk筛选差异基因，相信大部分人都还不怎么了解，因此分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后大有收获，下面让我们一起去了解一下吧！

命令行筛选差异基因

将图片拖文件格式：

IDlog2fcFDRgene110.001gene2-10.001gene310.001gene420.0001

筛选条件：log2fc的绝对值大于1，FDR<0.05

命令：

awk'BEGIN{OFS=FS="\t"}{if(FNR==1)print$0;else{abs_log2fc=($2<0?$2*(-1):$2);if(abs_log2fc>=1&&$3<0.05)print$0;}}'de_gene.txt

$2代表的是第二列的log2fc,你的文件的log2fc在哪一列就用$第几列，$3代表FDR，你的文件第几列是也是写$第几列

筛选差异基因存储到不同的文件
命令：

awk'BEGIN{OFS=FS="\t";up="up";dw="dw";}{if(FNR==1){print$0>up;print$0>dw;}elseif($3<0.05){if($2>=1)print$0>up;elseif($2<=-1)print$0>dw;}}'de_gene.txt

以上是“如何使用awk筛选差异基因”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家都有了一定的了解，希望分享的内容对大家有所帮助，如果还想学习更多知识，欢迎关注恰卡编程网行业资讯频道！