AWK怎么提取所有基因位置信息

AWK怎么提取所有基因位置信息

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从基因组注释信息GFF文件中提取所有基因位置信息

gff文件当中存储了基因组当中所有基因的注释信息，如果想得到基因组当中所有基因的位置信息可以利用awk命令批量的提取，命令如下：

$grep-v'#'Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3|awk-F"[\t=:;]"'BEGIN{OFS="\t"}$3=="gene"{print$1,$4,$5,$10}'|head136315899AT1G01010167889130AT1G0102011164913714AT1G0103012312131227AT1G0104013117033171AT1G0105013336537871AT1G0106013844441017AT1G0107014497047059AT1G0108014723449304AT1G0109014990951210AT1G01100

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