Hi-C数据可视化工具Genome Browser的实例分析

魁首哥
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Hi-C数据可视化工具Genome Browser的实例分析

今天就跟大家聊聊有关Hi-C数据可视化工具Genome Browser的实例分析，可能很多人都不太了解，为了让大家更加了解，小编给大家总结了以下内容，希望大家根据这篇文章可以有所收获。

对于chip_seq的数据，我们可以通过UCSC, igvtools等基因组浏览器来展示和查看相应的数据，而对于三维基因组学的结果信息，这些二维基因组浏览器就不能够有效的进行展示了。随着三维基因组学的发展，相关的可视化软件也越来越多, 3D Genome Browser就是其中一个，是一个用于展示三维基因组学数据的在线网站，可以展示以下多种信息

  1. Hi-C

  2. ChIA-PET

  3. Capture Hi-C


对于Hi-C数据，可以查看已发表的公共数据集的结果，也可以展示自己的数据分析结果，通过如下所示的步骤，选择展示的数据和对应的染色质区域

结果示意如下

除了展示单一的Hi-C数据，还支持导入UCSC或者Epigenome 基因组浏览器中的chip_seq, RNA_seq等二维结果。在下图所示的红框出输入数据的URL链接

然后点击update即可，支持同时展示多个二维数据集，结果示意如下

该网站也提供了Promoter Capture Hi-C数据的展示，但是只支持公共数据集，通过下图所示的步骤选择对应的数据集

展示结果示意如下

看完上述内容，你们对Hi-C数据可视化工具Genome Browser的实例分析有进一步的了解吗？如果还想了解更多知识或者相关内容，请关注恰卡编程网行业资讯频道，感谢大家的支持。

阅读全文
发布于 2021-12-29 23:19:26
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