在线分析scRNA-seq数据的PanglaoDB网站是怎么样的

在线分析scRNA-seq数据的PanglaoDB网站是怎么样的

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用四个字形容单细胞技术最贴切的应该是“火炎焱燚”

来自瑞典和美国的研究人员开发了PanglaoDB数据库，一个用于探索小鼠和人类scRNA-seq数据的网站，为单细胞组学研究提供最新的公共scRNA-seq数据资源。

PanglaoDB数据库，包含了超过1054个单细胞实验的预处理和预计算分析，涵盖了大多数主要的单细胞平台和分析流程，基于来自各种组织和器官的超过400万个细胞。在线界面允许用户查询和探索细胞类型、遗传途径和调控网络。

为什么要构建PanglaoDB？

PanglaoDB数据库和功能概述

PanglaoDB能做什么？

搜索功能示例

浏览功能

Q：我想知道小鼠肺间质中的细胞亚型？

A：点击主菜单上的“Datasets”，再点击“Samples”，可以添加限制条件：物种、测序平台或表头顺序，得到搜索列表，点击“view”可查看数据集的基本信息和该数据集的细胞聚类图，使用t-SNE/UMAP进行降维可视化，不同颜色代表不同的簇。

浏览功能示例（Samples）

Q：如何查看某个细胞亚群的细胞marker？

A：点击主菜单上的“Datasets”，再点击“Cell type markers”，选择细胞类型，即可得到细胞类型的基因表达marker列表，绿色的行表示典型marker。发现细胞类型标记不准确，可通过flag按钮发送错误报告

浏览功能示例（Cell type markers）

数据下载

用户可在Bulk data download页面批量下载数据。

Bulk data download页面

用户还可以使用部署在数据库上的alona工具进行自有数据的分析。

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