KEGG API的用法是怎样的

KEGG API的用法是怎样的

KEGG API的用法是怎样的,很多新手对此不是很清楚,为了帮助大家解决这个难题,下面小编将为大家详细讲解,有这方面需求的人可以来学习下,希望你能有所收获。

get

根据提供的kegg 标识符,返回特定的记录,多个标识符之间用+ 连接,一次最多允许10个标识符,格式如下

http://rest.kegg.jp/get/dbentries[/option]
dbentries = KEGG database entries of the following database
database = pathway | brite | module | ko | genome | org | vg | ag | compound |
glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | disease_ja | drug_ja | dgroup_ja | environ_ja | compound_ja
option = aaseq | ntseq | mol | kcf | image | conf | kgml | json

共有两种用法

第一种用法,不带任何的option, 返回的结果和网页版的结果类似

示例:返回hsa:10458基因的信息

http://rest.kegg.jp/get/hsa:10458

ENTRY10458CDST01001NAMEBAIAP2,BAP2,FLAF3,IRSP53DEFINITION(RefSeq)BAI1associatedprotein2ORTHOLOGYK05627BAI1-associatedprotein2ORGANISMhsaHomosapiens(human)PATHWAYhsa04520Adherensjunctionhsa04810RegulationofactincytoskeletonBRITEKEGGOrthology(KO)[BR:hsa00001]CellularProcessesCellularcommunity-eukaryotes04520Adherensjunction10458(BAIAP2)Cellmotility04810Regulationofactincytoskeleton10458(BAIAP2)Membranetrafficking[BR:hsa04131]EndocytosisBin/Amphiphysin/Rvs(BAR)familyproteinsI-BARproteins10458(BAIAP2)POSITION17q25.3...

第二种用法,后面加上options 操作,需要注意的是,特定的数据库有特定的option。

对于gene 数据库而言,支持 aaseq 和 ntseq, 返回基因的序列
示例:返回基因的核酸序列

http://rest.kegg.jp/get/hsa:10458/ntseq

>hsa:10458K05627BAI1-associatedprotein2|(RefSeq)BAIAP2,BAP2,FLAF3,IRSP53;BAI1associatedprotein2(N)atgtctctgtctcgctcagaggagatgcaccggctcacggaaaatgtctataagaccatcatggagcagttcaaccctagcctccggaacttcatcgccatggggaagaattacgagaaggcactggcaggtgtgacgtatgcagccaaaggctactttgacgccctggtgaagatgggggagctggccagcgagagccagggctccaaagaactcggagacgttctcttccagatggctgaagtccacaggcagatccagaatcagctggaagaaatgctgaagtcttttcacaacgagctgcttacgcagctggagcagaaggtggagctgga

对于pathway 数据库而言,支持 image , conf, kgml ,但是一次只允许查询1条记录
示例: 返回hsa05130的通路图

http://rest.kegg.jp/get/hsa05130/image

对于 compound, glycan, drus 数据库,支持 images , mcol, kcf 操作,对于images , 一次只允许返回一条记录

示例 : 返回 C00002的结构示意图

http://rest.kegg.jp/get/C00002/image

conv

转换kegg 的ID 和其他数据库的ID
第一种格式,所有记录之间的转换

http://rest.kegg.jp/conv/target_db/source_db
(target_db source_db) = (kegg_db outside_db) | (outside_db kegg_db)
For gene identifiers:
kegg_d> = org
org = KEGG organism code or T number
outside_d> = ncbi-geneid | ncbi-proteinid | uniprot
For chemical substance identifiers:
kegg_db = compound | glycan | drug
outside_db = pubchem | chebi

示例: human的ncbi entrez ID 和 kegg 的ID 进行转换

http://rest.kegg.jp/conv/hsa/ncbi-geneid

ncbi-geneid:1hsa:1ncbi-geneid:10hsa:10ncbi-geneid:100hsa:100ncbi-geneid:1000hsa:1000ncbi-geneid:100008587hsa:100008587ncbi-geneid:100008588hsa:100008588ncbi-geneid:100008589hsa:100008589ncbi-geneid:100009667hsa:100009667ncbi-geneid:100009676hsa:100009676

第二种格式, 某几条记录之间的转换,格式和第一种相同,只不过每次返回几条记录之间的对应关系,多条记录用+ 连接,1次最多允许10条记录

示例,查询hsa:10458ece:Z5100 两个基因对应的 ncbi protein id

http://rest.kegg.jp/conv/ncbi-proteinid/hsa:10458+ece:Z5100

hsa:10458ncbi-proteinid:NP_059345ece:Z5100ncbi-proteinid:AAG58814

link

检索两个数据库之间的关联,共有两种用法

第一种,两个数据库之间的关联

http://rest.kegg.jp/link/target_db/source_db
target_db = database
source_db = database
database = pathway | brite | module | ko | genome | org | vg | ag | compound |
glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | atc | jtc | ndc | yj | pubmed

示例:human 基因和pathway 之间的对应关系

http://rest.kegg.jp/link/pathway/hsa

hsa:10327path:hsa00010hsa:124path:hsa00010hsa:125path:hsa00010hsa:126path:hsa00010hsa:127path:hsa00010hsa:128path:hsa00010hsa:130path:hsa00010

第二种,查询某几条记录在两个数据库之间的关联

示例:查询hsa:10458和ece:Z5100 两个基因对应的pathway 信息

http://rest.kegg.jp/link/pathway/hsa:10458+ece:Z5100

hsa:10458path:hsa04520hsa:10458path:hsa04810ece:Z5100path:ece05130

ddi

查找药物之间的相互作用关系 , URL 格式如下

http://rest.kegg.jp/ddi/dbentry
dbentry = Single entry of the following database
database = drug | ndc | yj
可以提供1个药物的ID, 也可以一次提供多个,多个ID 用 + 连接

示例 : 查询和D005664 这种药物存在相互作用的记录

http://rest.kegg.jp/ddi/D00564

dr:D00564cpd:C00304Punclassifieddr:D00564cpd:C01946Punclassifieddr:D00564cpd:C04931Punclassifieddr:D00564cpd:C05849Punclassified

kegg API 允许我们方便的获取各种资源,最大的好处是我们可以通过程序批量下载,比如批量下载一个物种所有的pathway通路图或者kgml 文件。

看完上述内容是否对您有帮助呢?如果还想对相关知识有进一步的了解或阅读更多相关文章,请关注恰卡编程网行业资讯频道,感谢您对恰卡编程网的支持。

发布于 2021-12-23 21:15:09
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