Illumina microarray未标准化数据分布的方法

Illumina microarray未标准化数据分布的方法

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不同于affy包对affymetrix芯片数据分布绘图，Illumina microarray数据分布是基于lumi包：

boxplot-method

affy包也可以利用boxplot，不过密度图利用hist,此处就展示一些lumi包针对Illumina microarray绘图过程（GSE63229）：

基于lumiR.batch获取LumiBatch对象，直接基于对象画图：

>n.sample=length(LumiBatch$sampleID)>cols=rainbow(n.sample)>par(cex=0.7)>if(n.sample>40)par(cex=0.5)>boxplot(LumiBatch,col=cols,las=2)

密度图则是(hist同样效果）：

>par(cex=0.7)>if(n.sample>40)par(cex=0.5)>density(LumiBatch,col=cols,las=2)

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