如何绘制circos图
如何绘制circos图
本篇内容介绍了“如何绘制circos图”的有关知识，在实际案例的操作过程中，不少人都会遇到这样的困境，接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧！希望大家仔细阅读，能够学有所成！
数据准备
绘制需要两项基本内容，其一是染色体信息文件（核型文件），主要目的是在图片上显示出染色体，并进行颜色等相关设置；其二是标签文字文件（文本text文件），主要目的是在染色体上具体的位置将基因作为label显示。
核型文件（chr.info）
格式如下所示：
chr-1Chr1030427671chr1chr-2Chr2019698289chr2chr-3Chr3023459830chr3chr-4Chr4018585056chr4chr-5Chr5026975502chr5
文件以TAB分隔，前两列可以不变，而需要注意第三列到最后一列的信息，第三列为染色体实际编号，第四列是图片上进行显示的编号，第五列表示染色体长度的起始，第六列对应染色体的终止，也就是最终长度，最后一列实际上控制的是染色体的颜色，chr1至chr5都对应不同的颜色。
text文件（text.txt）
文件格式如下（全部内容共24行，此处仅显示部分）：
52598225425986435AT5G6505041783521717838969AT4G3794041202382412028004AT4G2295032261825922620529AT3G6112012598229425986349AT1G69120
文件依然以TAB分隔，第一列表示标签文字（基因）出现的染色体实际编号，第二列第三列表示基因位于该染色体上的起止坐标位置，第四列是该基因的ID即在染色体上显示的文字。
绘图配置
进行circos绘图，需要依据最终目标整理配置文件，也就是对图片进行各种细节设置，以目标图片为例，配置文件（config.txt）如下：
chromosomes_units=100000#chromosomes_reverse=/[12345]/<ideogram>fill=yeslabel_font=defaultlabel_parallel=yeslabel_radius=1.1rlabel_size=45radius=0.5rshow_label=yes<spacing>default=0.005r</spacing>stroke_color=dgreystroke_thickness=2pthickness=0.03r</ideogram>karyotype=/share/circos/result/chr.info<plots><plot>type=textcolor=redfile=/share/circos/result/text.txtlabel_font=condensedlabel_size=30label_snuggle=yes参考：https://www.恰卡编程网.com/article/678show_links=yeslink_color=blacklink_dims=0p,20p,50p,2p,2plink_thickness=2pr0=1rr1=1r+200prpadding=5p</plot></plots>show_tick_labels=yesshow_ticks=yes<ticks>color=blackmultiplier=1e-6radius=1rthickness=2p<tick>size=10pspacing=5u</tick><tick>color=blackformat=%dlabel_offset=10plabel_size=25pshow_label=yessize=15pspacing=10uthickness=4p</tick></ticks><colors><<includeetc/colors.conf>><<includeetc/brewer.conf>></colors><fonts><<includeetc/fonts.conf>></fonts><image><<includeetc/image.conf>></image><<includeetc/housekeeping.conf>>
命令行绘图
在安装软件之后，运行绘图命令，即可获得基础图片：
/share/work/biosoft/circos/circos-0.69/bin/circos-confconfig.txt--outputdir./-outputfiletest
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