vcftools过滤如何指定缺失率的变异位点

vcftools过滤如何指定缺失率的变异位点

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vcf 文件中很多snp在某些样品中是缺失的,也就是基因型为 "./." 。如果缺失率较高,这种snp位点在很多分析中是不能用的,需要去掉。这时候就可以使用vcftools进行过滤。用到的选项为--max-missing

vcftools过滤如何指定缺失率的变异位点

具体用法如下:

运行以下命令:

vcftools--vcfsnp.vcf--recode--recode-INFO-all--stdout--max-missing1>snp.new.vcf

--max-missing 后跟的值为 0-1 ,1代表不允许缺失,0代表允许全部缺失

最后,得到的vcf文件中snp位点都是没有缺失的。

到此,关于“vcftools过滤如何指定缺失率的变异位点”的学习就结束了,希望能够解决大家的疑惑。理论与实践的搭配能更好的帮助大家学习,快去试试吧!若想继续学习更多相关知识,请继续关注恰卡编程网网站,小编会继续努力为大家带来更多实用的文章!

发布于 2022-03-19 21:13:41
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