3p 表达量(如何下载miRNA的5p)

如何下载miRNA的5p, 3p 表达量

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参考如下的代码：

#设置下载的参数project<-"TCGA-CHOL"data_category<-"TranscriptomeProfiling"data_type<-"IsoformExpressionQuantification"workflow_type<-"BCGSCmiRNAProfiling"legacy<-FALSE#查询可以下载的数据,有时候查询的API不稳定，需要多试几次query<-GDCquery(project=project,data.category=data_category,data.type=data_type,legacy=legacy)#下载数据GDCdownload(query=query,method='client')

其关键是设置data_type 为“Isoform Expression Quantification”， 这样就是不同isoform 的表达量。

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