基因别名alias转换成官方symbol的方法
基因别名alias转换成官方symbol的方法
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limma包提供alias2Symbol 可以将部分物种基因的别名，通过NCBIEntrezID转换成官方的gene symbol
譬如：以人的 AP2基因为例：
>alias2Symbol(c("AP2"),species="Hs",expand.symbols=F)[1]"GTF3A"
支持多alias同时转换。修改数组向量元素即可。
转换过程将依赖对应的org包，需要提前进行安装：
| Package | Species | |
| org.Ag.eg.db | Anopheles | |
| org.Bt.eg.db | Bovine | |
| org.Ce.eg.db | Worm | |
| org.Cf.eg.db | Canine | |
| org.Dm.eg.db | Fly | |
| org.Dr.eg.db | Zebrafish | |
| org.EcK12.eg.db | E coli strain K12 | |
| org.EcSakai.eg.db | E coli strain Sakai | |
| org.Gg.eg.db | Chicken | |
| org.Hs.eg.db | Human | |
| org.Mm.eg.db | Mouse | |
| org.Mmu.eg.db | Rhesus | |
| org.Pt.eg.db | Chimp | |
| org.Rn.eg.db | Rat | |
| org.Ss.eg.db | Pig | |
| org.Xl.eg.db | Xenopus |
感谢各位的阅读，以上就是“基因别名alias转换成官方symbol的方法”的内容了，经过本文的学习后，相信大家对基因别名alias转换成官方symbol的方法这一问题有了更深刻的体会，具体使用情况还需要大家实践验证。这里是恰卡编程网，小编将为大家推送更多相关知识点的文章，欢迎关注！
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