怎么过滤fasta文件

怎么过滤fasta文件

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fasta文件有其固定的格式，如果某些序列格式错误或者出现一些不该出现的字符（例如乱码），就需要过滤掉这些序列。过滤方法比较简单，一个脚本就可以完成，避免重复的手动删除。

脚本运行命令：

perlfasta.filter.pl-inin.fasta-oout.fasta

其中 ：

fasta.filter.pl：脚本名称；

-in：输入选项，后跟输入文件名称；

-o：输出选项，后跟输出文件名称。

脚本如下：

useBio::SeqIO;useBio::Seq;useGetopt::Long;my%opts;GetOptions(\%opts,"in=s","o=s","h");my$in=Bio::SeqIO->new(-file=>"$opts{in}",-format=>'Fasta');my$out=Bio::SeqIO->new(-file=>">$opts{o}",-format=>'Fasta');while(my$seq=$in->next_seq()){my($id,$seqence,$desc)=($seq->id,$seq->seq,$seq->desc);nextif($seqenceeq"");nextif($seqence=~[^ATCGNatcgn]);$out->write_seq($seq);$out->close();}$in->close();$out->close();

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