怎么用bedtools统计VCF文件中各染色体不同区域中的变异数量

怎么用bedtools统计VCF文件中各染色体不同区域中的变异数量

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1.获得基因组的各染色体的长度信息

$samtoolsfaidxgenome.fa#生成gemome.fa.fai文件第一列为染色体，第二列为对应染色体长度chr014448884374448884344488844chr0238522657444888583852265738522658chr0334302425830115233430242534302426chr04319049211173139563190492131904922chr05314656691492188853146566931465670chr06294810961806845622948109629481097chr07261424792101656662614247926142480chr08232953562363081532329535623295357chr09213097442596035172130974421309745chr10204134212809132692041342120413422

2.根据染色体的长度产出区域文件：

$bedtoolsmakewindows-ggenome.fa.fai-w100000>region.bed$headregion.bedchr010100000chr01100000200000chr01200000300000chr01300000400000chr01400000500000

3.输入vcf文件统计不同区域里面变异个数

$bedtoolscoverage-aregion.bed-bq4.vcf-counts>result.txt

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