SNP分析中报错怎么解决

SNP分析中报错怎么解决

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SNP分析过程中，由于基因组序列长度过长，会导致GATK软件报错。如下所以：

Exceptioninthread"main"htsjdk.samtools.SAMException:ExceptionwhenprocessingalignmentforBAMindexA00253:355:H75GLDSX2:2:1334:20989:86251/2150balignedread.athtsjdk.samtools.BAMFileWriter.writeAlignment(BAMFileWriter.java:124)athtsjdk.samtools.SAMFileWriterImpl.addAlignment(SAMFileWriterImpl.java:177)atpicard.sam.MarkDuplicates.doWork(MarkDuplicates.java:298)atpicard.cmdline.CommandLineProgram.instanceMain(CommandLineProgram.java:183)atpicard.sam.MarkDuplicates.main(MarkDuplicates.java:161)Causedby:htsjdk.samtools.SAMException:ExceptioncreatingBAMindexforrecordA00253:355:H75GLDSX2:2:1334:20989:86251/2150balignedread.athtsjdk.samtools.BAMIndexer.processAlignment(BAMIndexer.java:91)athtsjdk.samtools.BAMFileWriter.writeAlignment(BAMFileWriter.java:121)...4moreCausedby:java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException:32770athtsjdk.samtools.BinningIndexBuilder.processFeature(BinningIndexBuilder.java:136)athtsjdk.samtools.BAMIndexer$BAMIndexBuilder.processAlignment(BAMIndexer.java:194)athtsjdk.samtools.BAMIndexer.processAlignment(BAMIndexer.java:89)...5more

可以在运行时加入--create-output-bam-index false 选项，不让它创建bam文件的索引文件。

/share/work/biosoft/GATK/gatk-4.2.2.0/gatk--java-options"-XX:ParallelGCThreads=5-Xmx50g"SplitNCigarReads-R/share/work/database/ref/Triticum_aestivum/IWGSC_v2.1/iwgsc_refseqv2.1_gene_annotation_200916/iwgsc_refseqv2.1_assembly.fa-I/share/nas1/renzx/project/zx-20210524-20_BSR_2xiaomai/ref/ann/9.SNP_Analysis/2.bam_process/CH.bam.dedupped.bam-O/share/nas1/renzx/project/zx-20210524-20_BSR_2xiaomai/ref/ann/9.SNP_Analysis/2.bam_process/CH.bam.split.bam--tmp-dir/share/nas1/renzx/project/zx-20210524-20_BSR_2xiaomai/ref/ann/9.SNP_Analysis/tmp--create-output-bam-indexfalse

然后自己给bam文件创建索引。

samtoolsindex-cCH.bam.split.bam

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